Взаимодействие Экономического Суда с органами Содружества Независимых Государств обусловлены его статусом как уставного органа СНГ и спецификой функционирования. Органы СНГ, которые наделены правомочиями по обращению в Экономический Суд с соответствующими запросами, инициируют наибольшее количество рассмотренных Экономическим Судом дел о толковании положений международных соглашений в рамках Содружества.
Особенно активным является сотрудничество Экономического Суда и Исполнительного комитета СНГ. Реагируя на поступившие от граждан государств-участников Содружества письма, Исполнительный комитет обращается в Экономический Суд с запросами о толковании.
Рабочая встреча с Председателем Исполнительного комитета — Исполнительным секретарем СНГ Лебедевым С. Н. , г.Минск, 2008 год
Экономический Суд принимает участие в разработке проектов международных соглашений и актов органов Содружества. Председатель Экономического Суда представляет Суд на заседаниях высших органов СНГ, принимает участие в работе Экономического совета, Комиссии по экономическим вопросам при Экономическом совете СНГ и Совета постоянных полномочных представителей государств-участников Содружества при уставных и других органах Содружества.
Участие Председателя Экономического Суда СНГ Каменковой Л. Э. в заседании Совета постоянных полномочных представителей государств-участников Содружества при уставных и других органах Содружества, Исполнительный комитет СНГ, г.Минск, 22 декабря 2011 года
По инициативе Экономического Суда был создан Совет председателей высших арбитражных, хозяйственных, экономических и других судов, разрешающих дела по спорам в сфере экономики, деятельность которого направлена на решение важных вопросов взаимодействия судов государств-участников (Соглашение об образовании Совета председателей высших арбитражных, хозяйственных, экономических и других судов, разрешающих дела по спорам в сфере экономики, от 7 октября 2002 года). Данное Соглашение прекратило действие в связи с созданием нового межгосударственного органа — Совета председателей верховных (высших) судов государств — участников Содружества Независимых Государств. Соглашение об образовании Совета председателей верховных (высших) судов государств — участников Содружества Независимых Государств подписано 15 октября 2021 года на заседании Совета глав государств СНГ и вступило в силу 26 ноября 2022 года.
В заседаниях Совета с правом совещательного голоса принимает участие Председатель Экономического Суда СНГ.
Председатель, судьи и должностные лица Экономического Суда принимают участие в мероприятиях органов СНГ, направленных на совершенствование правовой базы Содружества. Для надлежащего информирования органов Содружества о деятельности Экономического Суда принимаемые Судом решения помимо государств-участников и заявителей в обязательном порядке направляются в Исполнительный комитет СНГ, а также в соответствующие органы отраслевого сотрудничества. Информация о наиболее важных событиях в деятельности Экономического Суда размещается на сайте Исполнительного комитета СНГ.
Экономический Суд тесно сотрудничает с Межпарламентской Ассамблеей СНГ, Советом и Секретариатом Совета МПА СНГ, Постоянной комиссией МПА СНГ по правовым вопросам, участвуя в заседаниях указанных органов и обсуждении различных вопросов.
Подписание Соглашения о взаимодействии между Экономическим Судом СНГ и Межпарламентской Ассамблеей государств-участников СНГ, г. Санкт-Петербург, 28 ноября 2013 года
Экономический Суд активно сотрудничает с Секретариатом Координационного совета генеральных прокуроров государств-участников СНГ. 24 мая 2012 года подписано Соглашение о взаимодействии между Экономическим Судом СНГ и Секретариатом Координационного совета генеральных прокуроров государств-участников СНГ.
Соглашение предусматривает такие направления сотрудничества, как участие в разработке и выполнении межгосударственных программ государств-участников СНГ по вопросам, относящимся к их сфере деятельности, проведение консультаций при подготовке решений (предложений и рекомендаций), вносимых на рассмотрение органов СНГ, взаимодействие при практическом выполнении решений Совета глав государств и Совета глав правительств СНГ, а также при проведении мероприятий, охватывающих смежные области сотрудничества. Соглашение содержит также договоренности сторон о сотрудничестве в деятельности, направленной на гармонизацию (сближение, унификацию) национальных законодательств государств-участников Содружества по направлениям их деятельности, обмен правовыми актами по актуальным правовым вопросам и другими документами, представляющими взаимный интерес и т. д.
21 марта 2013 года Председатель Экономического Суда СНГ Л. Э. Каменкова приняла участие в очередном заседании Постоянно действующего Совещания руководителей рабочих структур органов СНГ, осуществляющих сотрудничество в сфере борьбы с преступностью, в ходе которого выступила с докладом на тему «Актуальные вопросы взаимодействия Экономического Суда СНГ с отраслевыми органами и институтами Содружества Независимых Государств».
Председатель Экономического Суда СНГ Л. Э. Каменкова на заседании Постоянно действующего Совещания руководителей рабочих структур органов СНГ, осуществляющих сотрудничество в сфере борьбы с преступностью, 21 марта 2013 года, г.Москва